隋朝末年，隋将王世充的侄子王仁则（于承惠 饰）在督建河防工事时，杀死了起来反抗暴虐的神腿张，但令其儿子小虎子跳河逃离虎口。小虎子被少林僧人救起收入寺中后，为报父仇毅然削发为僧，法名“觉远”（李连杰 饰）。
《法门寺猜想》讲了一对恋人的三世情缘。唐朝的元公主与法门寺的小和尚觉能相恋，后来觉能知道自己是被掉包的皇子，而公主是宰相的女儿。觉能后为保护佛骨自焚而亡。公主也自刎了。第二世是一个卖茶的缘妹和一个金银匠阜能的故事。两人相恋，但缘妹被外族拓跋氏看上，阜能为了国家，也为了缘妹，只得远征拓跋。第三世主持人元缘和年轻的历史学家小唐在挖掘法门寺时相识。小唐写了《法门寺猜想》的剧本给元缘，元缘后来才明白自己也许就是元公主和缘妹的前世今生，当他要去找小唐时，小唐已经出家，法名可能，远走。