故事讲述了一个简单又骄傲的牧场主，为了经济利益和儿子一起谋杀了妻子。而在埋葬其尸体时，他发现自己被老鼠恐吓，并确信妻子并没有放过他！
眼见与蛋头博士的一场激战导致宇宙崩毁，刺猬索尼克必须急速穿越平行时空，寻找失去联系的朋友，携手拯救世界。
一位神秘人物的出现让小镇上的居民终日生活在恐惧之中，他利用一架邪恶的机器制造出了许多可怕的怪物，将它们放到镇上为非作歹。这时，就轮到“秘密公司”的诸位出马了，可摩拳擦掌跃跃欲试的沙吉（马修·里沃德 Matthew Lillard 饰）和搭档史酷比（Neil Fanning 配音）却被告知留守公司，不必参加行动。
探索友谊有趣的一面，与小马们一起踏上可爱的冒险。